實(shí)測(cè)內(nèi)容
01常規(guī)組織樣本
采用貝普奧SISPROT前處理試劑盒進(jìn)行蛋白樣品前處理的常規(guī)組織樣本主要為動(dòng)、植物組織及大型真菌。一般來(lái)說(shuō),常規(guī)動(dòng)物組織樣本(圖1)采用SISPROT進(jìn)行前處理,蛋白鑒定水平可以穩(wěn)定達(dá)到平均6000種左右。其中,對(duì)植物物種組織進(jìn)行蛋白質(zhì)組學(xué)SISPROT前處理和蛋白檢測(cè),可鑒定到4000-5500種左右的蛋白質(zhì);此外在大型真菌樣本中可以鑒定到4000+種蛋白質(zhì)。對(duì)于植物或大型真菌樣本來(lái)說(shuō),其蛋白鑒定水平本身經(jīng)常會(huì)受到物種間差異或物種自身數(shù)據(jù)庫(kù)完整性的影響,但同時(shí),相同樣本不同重復(fù)間的數(shù)據(jù)一致性也體現(xiàn)了SISPROT前處理性能的穩(wěn)定性。值得注意的是,在動(dòng)物組織中比較常見(jiàn)的問(wèn)題是進(jìn)行蛋白提取時(shí)裂解不充分從而影響最終的鑒定結(jié)果,這里建議參考SISPROT前處理試劑盒詳細(xì)版說(shuō)明書(shū)進(jìn)行組織樣本的充分裂解。
圖1. SISPROT處理動(dòng)物組織蛋白鑒定水平
圖2. SISPROT處理植物組織、大型真菌蛋白鑒定水平
02顯微切割組織樣本(LCM)
隨著空間組學(xué)(Spatial omics)的興起和蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)突飛猛進(jìn)的發(fā)展,越來(lái)越多的研究人員關(guān)注和進(jìn)行空間蛋白質(zhì)組學(xué)相關(guān)研究。在空間蛋白質(zhì)組中,常規(guī)的幾種切片類(lèi)型主要是冰凍切片、HE染色切片和FFPE切片。對(duì)這三種類(lèi)型切片(冰凍切片切片厚度一般為10 μm,HE染色切片和FFPE切片為4 μm)經(jīng)過(guò)顯微切割獲得的總面積為m㎡級(jí)的樣本可采用SISPROT進(jìn)行微量樣本前處理,蛋白質(zhì)種類(lèi)鑒定量一般可以穩(wěn)定達(dá)到6000種以上。
圖3. SISPROT處理常規(guī)LCM樣本蛋白鑒定水平
03外泌體樣本
外泌體天然存在于體液中,通過(guò)循環(huán)系統(tǒng)到達(dá)不同細(xì)胞與組織,可參與到機(jī)體免疫應(yīng)答、抗原呈遞、細(xì)胞遷移、細(xì)胞分化、腫瘤侵襲等方方面面。因此科研人員對(duì)外泌體的功能和應(yīng)用研究的興趣也日益增長(zhǎng)。但由于從體液中分離出的外泌體相對(duì)較少,常規(guī)方法難以做到深度蛋白質(zhì)組檢測(cè),因而也限制研究視角。在測(cè)試樣品中,利用SISPROT針對(duì)微量樣品的優(yōu)勢(shì),分別對(duì)兩種典型來(lái)源的外泌體樣本蛋白進(jìn)行了樣品前處理,約5 μg左右不同起始量的血漿來(lái)源外泌體樣品中穩(wěn)定鑒定出約4000種蛋白質(zhì),細(xì)胞來(lái)源外泌體樣本中可鑒定達(dá)到6500+種蛋白質(zhì),外泌體Marker蛋白如CD63、CD81、ALIX、SDCBP、TSG101等均被靈敏檢出且排名在前50%以?xún)?nèi)。
圖4. SISPROT處理外泌體樣本蛋白鑒定水平
04特殊微量樣本
隨著單細(xì)胞多組學(xué)和空間組學(xué)的廣泛應(yīng)用和發(fā)展,對(duì)組織中細(xì)胞的空間、高分辨率的分析將是未來(lái)幾年生物學(xué)的主要前沿方向之一。這里的兩個(gè)實(shí)測(cè)樣本類(lèi)型分別是亞細(xì)胞級(jí)LCM樣本和ng級(jí)蛋白起始量的細(xì)胞樣本。
對(duì)于單細(xì)胞甚至亞細(xì)胞級(jí)別的LCM樣本,受限于切割成本,收集到的組織切片總面積通常為μ㎡級(jí)別,對(duì)于這種高精度的樣本收集,其難度和樣本珍貴程度不言而喻。采用SISPROT進(jìn)行幾乎無(wú)損的極微量LCM樣品前處理,僅4 μm厚、20000 μ㎡(0.02m㎡)的切片組織樣本可以檢出接近3000種蛋白質(zhì)。
通過(guò)流式分選和Marker標(biāo)記獲得目標(biāo)細(xì)胞亞型的精細(xì)化研究場(chǎng)景已不鮮見(jiàn)。在此案例中,通過(guò)流式分選獲得的僅約100個(gè)細(xì)胞或10 ng蛋白起始量的細(xì)胞樣本,采用SISPROT進(jìn)行極微量樣本前處理,可穩(wěn)定鑒定到3000種以上蛋白質(zhì),其中膜蛋白的檢出數(shù)量占比可以穩(wěn)定達(dá)到20%以上,包含CD81、CD38、CD40等低豐度膜蛋白,體現(xiàn)出SISPROT對(duì)極微量樣品前處理的高深度、高靈敏度以及強(qiáng)穩(wěn)定性。
圖5. SISPROT處理特殊極微量樣本蛋白鑒定水平
總結(jié)
綜合上述,以上的實(shí)測(cè)案例和數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)分析無(wú)不體現(xiàn)SISPROT蛋白樣本前處理方案的對(duì)樣本類(lèi)型多樣化的兼容性、微量/極微量樣本處理的高靈敏度和強(qiáng)穩(wěn)定性。此外不得不提的一點(diǎn)是,采用SISPROT試劑盒進(jìn)行蛋白樣品全處理只需要搭配一臺(tái)離心機(jī)和一把移液槍?zhuān)涂梢栽?小時(shí)內(nèi)批量處理幾十個(gè)樣本,得到高純凈度低背景的多肽樣品,并可直接用于質(zhì)譜上機(jī)。因此,相比于傳統(tǒng)過(guò)夜酶解的蛋白前處理方案,SISPROT前處理方案的便捷高效也是其極具特色的技術(shù)優(yōu)勢(shì)之一。
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