近日，南方科技大學(xué)Chris Soon Heng Tan教授團(tuán)隊(duì)、田瑞軍教授團(tuán)隊(duì)在Chemical Science(IF: 9.969)上發(fā)表了全新的自動(dòng)化蛋白質(zhì)組學(xué)樣本制備平臺autoSISPROT，實(shí)現(xiàn)了在2.5小時(shí)內(nèi)完成96個(gè)樣本的蛋白質(zhì)組學(xué)前處理工作。與經(jīng)典熱蛋白質(zhì)組學(xué)相比，通量提升了10倍，autoSISPROT為蛋白質(zhì)組學(xué)樣本制備和藥物靶點(diǎn)篩選提供了可靠的高通量解決方案。
基于質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組學(xué)已經(jīng)在藥靶篩選中得到了廣泛應(yīng)用，對蛋白質(zhì)組學(xué)樣本前處理帶來了極大的挑戰(zhàn)。傳統(tǒng)手工操作處理數(shù)百個(gè)樣本不僅耗時(shí)長，而且容易引入批次效應(yīng)影響整體結(jié)果。因此亟需一種自動(dòng)化、高通量的前處理平臺以滿足大隊(duì)列蛋白質(zhì)組學(xué)及藥物靶標(biāo)篩選的需要。
圖1. autoSISPROT工作流程示意圖
autoSISPROT平臺性能展示：
高穩(wěn)定性，批次內(nèi)相關(guān)系數(shù)>0.99
autoSISPROT平臺是基于田瑞軍教授課題組前期開發(fā)的專利技術(shù)SISPROT開發(fā)的一套蛋白質(zhì)組高通量樣本前處理平臺。SISPROT技術(shù)可以完全集成樣本上樣、蛋白質(zhì)還原、烷基化、酶解、TMT標(biāo)記（可選）和脫鹽步驟于一體。作者將SISPROT搭載在AssayMAP Bravo自動(dòng)化平臺上，實(shí)現(xiàn)在2.5小時(shí)內(nèi)自動(dòng)化完成96個(gè)樣本的蛋白質(zhì)組學(xué)前處理工作，全程無需人工干預(yù)。通過對比autoSISPROT平臺和手動(dòng)SISPROT的差異，以及autoSISPROT平臺同時(shí)處理96個(gè)樣本的批次內(nèi)和批次間的重現(xiàn)性。作者發(fā)現(xiàn)，autoSISPROT帶來的操作誤差更小、重復(fù)性更高，并且在批次內(nèi)和批次間都表現(xiàn)出了極高的穩(wěn)定性，批次內(nèi)皮爾森相關(guān)系數(shù)大于0.99，批次間大于0.91。
圖2. autoSISPROT性能展示
autoSISPROT實(shí)測：
成功鑒定到12種激酶抑制劑已知靶點(diǎn)
為了評估autoSISPROT是否能夠?qū)崿F(xiàn)高通量藥物靶標(biāo)篩選，作者將autoSISPROT與diaCETSA結(jié)合，對24種藥物的靶標(biāo)進(jìn)行識別篩選。與傳統(tǒng)的熱蛋白質(zhì)組學(xué)相比，autoSISPROT將樣本數(shù)量從960個(gè)減少到87個(gè)，前處理時(shí)間從2天減少到2.5小時(shí)，顯著提升了藥靶篩選的效率。結(jié)果表明，成功在20種激酶抑制劑中鑒定到了12種的已知靶點(diǎn)。此外，autoSISPROT平臺還能夠?qū)撛诘姆撬幬锇悬c(diǎn)進(jìn)行高通量識別，并通過PRM靶向蛋白質(zhì)組學(xué)驗(yàn)證。
圖3. 結(jié)合autoSISPROT和diaCETSA識別激酶抑制劑的藥物靶點(diǎn)
綜上所述，作者基于SISPROT技術(shù)進(jìn)一步開發(fā)了自動(dòng)化平臺autoSISPROT，實(shí)現(xiàn)了2.5小時(shí)內(nèi)同時(shí)處理96個(gè)樣本。通過將autoSISPROT與CETSA-MS結(jié)合，使用DIA數(shù)據(jù)采集模式，進(jìn)一步提高了藥靶篩選的通量，大大提高了藥物開發(fā)工作成功的可能性。
貝普奧生物自動(dòng)化樣本前處理解決方案
為了促進(jìn)蛋白質(zhì)組學(xué)在臨床大隊(duì)列研究、藥物靶點(diǎn)篩選等場景的應(yīng)用，貝普奧生物推出自動(dòng)化蛋白質(zhì)組學(xué)樣本前處理解決方案，包括自動(dòng)化樣本前處理試劑盒、自動(dòng)化工作平臺。通過將貝普奧生物獨(dú)家專利的SISPROT試劑盒與自動(dòng)化工作平臺結(jié)合，實(shí)現(xiàn)單天完成超過300個(gè)樣本的蛋白質(zhì)組學(xué)前處理工作，周間批次皮爾斯相關(guān)系數(shù)大于0.93。詳情可咨詢貝普奧生物駐地銷售經(jīng)理或聯(lián)系公眾號后臺。
關(guān)于貝普奧生物
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深圳市貝普奧生物科技有限公司是一家于2022年1月在深圳成立的蛋白質(zhì)組學(xué)研發(fā)型高科技公司。作為蛋白質(zhì)組學(xué)上游市場解決方案提供商，公司致力于對蛋白質(zhì)組學(xué)領(lǐng)域的研發(fā)成果進(jìn)行商業(yè)開發(fā)及轉(zhuǎn)化。團(tuán)隊(duì)以受多項(xiàng)專利保護(hù)的蛋白質(zhì)組學(xué)前處理系列產(chǎn)品為切入點(diǎn)，通過臨床功能蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)平臺為目標(biāo)市場提供全流程解決方案。
公司核心成員在蛋白質(zhì)組學(xué)、腫瘤生物學(xué)領(lǐng)域獲得重大科研成果，超半數(shù)員工擁有博士、碩士學(xué)位及海外研究經(jīng)歷。充滿創(chuàng)造力的團(tuán)隊(duì)立足于大灣區(qū)，服務(wù)全球，專注于降低蛋白質(zhì)組學(xué)分析技術(shù)難度，提升其在創(chuàng)新標(biāo)志物和創(chuàng)新藥物研發(fā)全鏈條中的應(yīng)用，以蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)為重大疾病提供精準(zhǔn)診療策略。
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